Au Crédit Mutuel Alliance Fédérale, le capital est détenu par les clients-sociétaires sous forme de parts sociales. Les sociétaires participent aux décisions de leur caisse et en contrôlent la bonne gestion. Les caisses locales de Crédit Mutuel appartiennent de manière indivisible à la collectivité des sociétaires. Établissements de crédit autonomes, elles constituent le socle de l'organisation mutualiste.

Chaque caisse adhère à une fédération de Crédit Mutuel, elle-même adhérente à la Confédération Nationale du Crédit Mutuel. Chaque fédération est chargée de la représentation, de l'animation et du contrôle des caisses locales adhérentes.

Au sein de Crédit Mutuel Alliance Fédérale, les caisses sont également sociétaires de la Caisse Fédérale de Crédit Mutuel, outil technique et financier à leur service. La Caisse Fédérale contribue à l'efficacité mutualiste, en proposant des services supports transverses.

La Confédération Nationale du Crédit Mutuel, en tant qu'organe central, joue un rôle en matière prudentielle et de contrôle. Elle assure également auprès des pouvoirs publics la représentation du groupe Crédit Mutuel au plan national, ainsi que la défense de la marque et de ses intérêts.